Powołanie Muzeum do życia w roku 1850 było dla rozwoju archeologii w Polsce faktem doniosłym.

Oto bowiem po raz pierwszy na ziemiach polskich badania nad najdawniejszą przeszłością uzyskały status działań kierowanych przez wyspecjalizowaną placówkę. W dniu dzisiejszym Muzeum rozwija wielokierunkową działalność naukową poprzez swe specjalistyczne działy. Główny obszar działania Muzeum to Małopolska, jednak z uwagi na swe tradycje Muzeum prowadzi także, lub uczestniczy w programach międzynarodowych, na ogół wspólnie z innymi instytucjami.

Trzeba wreszcie wspomnieć o innej, niezwykle ważnej dziedzinie działalności Muzeum, jaką jest upowszechnianie wiedzy o pradziejach Małopolski, zarówno na poziomie popularno-naukowym, jak i czysto naukowym. W ostatnich latach zorganizowano szereg znaczących wystaw (własnych i sprowadzanych), które cieszyły się wielkim uznaniem publiczności (niektóre z nich cieszą się nadal). Są to m.in. wystawy: Paleolit okolic Krakowa, Gazociąg pełen skarbów archeologicznych, Kraków przed 1000 lat, Tutanchamon ukraińskich stepów, 150 lat Muzeum Archeologicznego w Krakowie, Wikingowie, Bogowie starożytnego Egiptu, Materiały kultury trypolskiej z Bilcza Złotego, Źródło żywiołów. Obecnie trwa realizacja naszej nowej stałej wystawy pt. Pradzieje i wczesne średniowiecze Małopolski. Muzeum realizuje swą misję również poprzez stałą współpracę ze szkołami, prowadząc lekcje muzealne i zajęcia fakultatywne. Do tradycji weszło już organizowanie w początkach wakacji archeologicznego festynu na terenie naszego Ośrodka Magazynowo-Studyjnego w Branicach. Maluchy ujrzą tu różne sceny z życia mieszkańców okolic Krakowa, a także stroje i wystrój mieszkań.