Powstanie Muzeum związane jest z zorganizowaniem w 1964 roku przez Aeroklub Krakowski wielkiej Wystawy Lotniczej na terenie byłego lotniska Rakowice-Czyżyny.

W związku z tym do Krakowa od 1963 roku zaczęto zwozić eksponaty lotnicze, które były już wcześniej, od zakończenia działań wojennych, gromadzone z myślą o przyszłym muzeum lotnictwa. Z jego organizacją po zakończeniu drugiej wojny światowej były wielkie kłopoty z uwagi na małe zainteresowanie tym tematem odpowiednich władz. Dopiero warunki stworzone dla tych zbiorów w Krakowie, pozwoliły na realizację tego zamierzenia.

Część obiektów dawnego lotniska jest obecnie używana przez Muzeum. Zajmuje ono ocalałe polskie obiekty lotniskowe, w skład których wchodzi duży hangar lotniczy i zaplecze garażowo-magazynowe, zbudowane na przełomie lat 20- i 30-tych oraz dwa małe budynki zbudowane przez Niemców w okresie ostatniej wojny.

Dosyć duża kolekcja samolotów, śmigłowców, szybowców, rakiet itp. zafascynuje każdego chłopca, a możliwość wejścia do niektórych maszyn ucieszy dzieci jeszcze bardziej.