Muzeum w Niedzicy gromadzi związane z zamkiem zabytki archeologiczne, relikty kamieniarskiego wystroju architektonicznego zamku, grafiki i ryciny z widokami zamku w różnych czasach oraz dokumentację historyczną.

W zbiorach muzeum znajdują się także eksponaty etnograficzne z terenów Spisza, w tym ciekawa kolekcja zegarów. W 1996 r. zapoczątkowany został nowy zbiór. Ze względu na węgierski rodowód twierdzy, Akos Engelmayer - w latach 1990-1995 ambasador Węgier w Polsce - ofiarował Muzeum swoją kolekcję polskich hungarików (map Węgier z XVI-XX w., rycin z wizerunkami węgierskich królów, zamków, miast i pól bitewnych, starodruków itp.), która stać się ma zaczątkiem największej kolekcji zbiorów węgierskich poza granicami Węgier.