Misją Narodowego Muzeum Morskiego w Gdańsku jest ochrona kulturowego i technicznego dziedzictwa morskiego realizowana poprzez gromadzenie i zabezpieczanie zabytków związanych ze szkutnictwem, okrętownictwem, żeglugą rzeczną i morską, rybołówstwem, żeglarstwem, militarystką i edukacją morską oraz upowszechnianie wiedzy o nich, a także o morskiej historii Polski i jej gospodarce na przestrzeni dziejów.

Misja ta jest realizowana w ramach: badań terenowych, prac archeologicznych i kameralnych badawczych, działań konserwatorskich – tak decyzyjnych na akwenach wodnych, jak i bezpośrednich na stanowiskach archeologicznych (badania ratownicze wraków zagrożonych zniszczeniem). Upowszechnianie i popularyzowanie szeroko rozumianej wiedzy morskiej jest realizowane na wystawach stałych i czasowych, w rozmaitych publikacjach oraz w formie działań edukacyjnych na różnym poziomie.