Siedzibą Muzeum Historii Szczecina jest gotycki Ratusz Staromiejski na Podzamczu, usytuowany w centrum najstarszej części miasta – pomiędzy Rynkiem Siennym i Rynkiem Nowym. Budynek, którego początki sięgają połowy XIII wieku, uzyskał gotycką formę z podcieniem i efektownymi szczytami oraz okazałą piwnicą z pięknymi sklepieniami gwiaździstymi na przełomie XIV i XV stulecia dzięki przebudowie przypisywanej Heinrichowi Brunsbergowi.

Po zrujnowaniu podczas ostrzeliwania miasta w okresie szwedzkim, przebudowano go w początku XVIII wieku w stylu barokowym, nadając skromny wygląd z wolutową dekoracją szczytów. Do 1879 roku służył jako siedziba władz miejskich.

Podczas drugiej wojny światowej ratusz podzielił los zabudowy Starego Miasta i ponownie legł w gruzach. W ramach powojennej sanacji starówki jako jeden z nielicznych obiektów zabytkowych został przeznaczony do odbudowy. Podczas rewaloryzacji obiektu odsłonięto gotyckie elewacje i uzupełniono bogaty, barwny detal ceglanej dekoracji fasad, w nowoczesnej formie, sugerując dawny charakter zwieńczenia szczytu północnego i pozostawiając barokowe formy w elewacji południowej i portalu głównym. Odbudowę zakończono w 1975roku , przekazując ratusz na siedzibę oddziału miejskiego Muzeum Narodowego w Szczecinie.

W efektownych wnętrzach ratusza można oglądać wystawy poświęcone historii i kulturze Szczecina od czasów najdawniejszych – ilustrowanych zabytkami archeologicznymi – poprzez czasy książęce, okres szwedzki, pruski i niemiecki, aż po polski okres powojenny z bliskimi nam latami końca XX wieku.

Przed wejściem do muzeum umieszczono nowoczesną rzeźbę Wielki łuk (1991), urodzonego w Szczecinie Bernharda Heiligera (1915–1995), jednego z czołowych niemieckich rzeźbiarzy okresu powojennego (depozyt Fundacji Bernharda Heiligera z Berlina).