Urodził się w osadzie Florida. Później mieszkał w małej miejscowości – Hannibal. W wieku dwunastu lat z powodu śmierci ojca musiał przerwać naukę i rozpocząć pracę zarobkową. Początkowo był chłopcem na posyłki w drukarni, później kształcił się na zecera. Następnie uzyskał uprawnienia pilota parostatków pływających na Missisipi. Opisał to później w autobiograficznej powieści Życie na Missisipi. Uważa się, że jego pseudonim artystyczny pochodzi z tego okresu – w żargonie pilotów parowców rzecznych mark twain oznacza "dwa (sążnie głębokości)".