Pałac został wzniesiony w latach 1501-1503 dla biskupa płockiego Erazma Ciołka, sekretarza króla Aleksandra Jagiellończyka. Biskup Ciołek był dyplomatą, humanistą i mecenasem sztuki. W architekturze budowli zaznaczają się tradycyjne cechy gotyckie (filary w sieni) oraz wpływy renesansu włoskiego (portal główny). W początkach wieku XVI mieściła się tutaj, obok rezydencji biskupiej, drukarnia Floriana Unglera. Pałac rozbudowywano w latach 20. XVI stulecia (z tego okresu pochodzi wystrój tzw. Sali Tomickiego na I piętrze) oraz na przełomie wieków XVI i XVII. Gruntownie odnowiono go w 1. połowie XVIII w, kiedy to wykonano dekorację freskową reprezentacyjnych sal na I piętrze (tzw. Sala Cnót) i a fasadę wsparto pochyłym murem i pokryto malowaną dekoracją w postaci kremowej kratownicy na różowym tle. W roku 1805 Pałac przeszedł na własność rządu austriackiego. Znalazła tutaj siedzibę policja i więzienie. Później, aż do lat 90. XX wieku mieściły się tutaj rozmaite urzędy państwowe. W roku 1996 Pałac przekazano na rzecz Muzeum Narodowego w Krakowie. W latach 1999-2006 została przeprowadzona generalna odnowa budynku, sfinansowana przez Narodowy Fundusz Rewaloryzacji Zabytków Krakowa, w trakcie której przywrócono Pałacowi dawną świetność. W roku 2007 w Pałacu otwarte zostały dwie stałe galerie prezentujące kolekcje Muzeum Narodowego w Krakowie. Na I piętrze znajduje się wystawa Sztuka Dawnej Polski. XII-XVIII wiek, gdzie można oglądać dzieła polskiej sztuki średniowiecznej, renesansowej i barokowej. Na parterze umieszczona została wystawa Sztuka Cerkiewna Dawnej Rzeczypospolitej. Obok stałych ekspozycji zbiorów Pałac jest również siedzibą dwóch działów naukowych: Działu I – Polskiego malarstwa i rzeźby do roku 1764 oraz Działu XVIII – Sztuki cerkiewnej. Znajduje się tutaj także Pracownia konserwacji malarstwa i rzeźby. W oparciu o wystawy znajdujące się w Pałacu prowadzona jest tutaj szeroka działalność edukacyjna.

W 2009 Muzeum Narodowe w Krakowie zostało laureatem konkursu „Zabytek Zadbany”, organizowanego przez Generalnego Konserwatora Zabytków –  Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego doceniło kompleksową rewaloryzację Pałacu Biskupa Erazma Ciołka.

Uwaga:

Galeria "Sztuka Dawnej Polski. XII-XVIII w." mieszcząca się w Pałacu Biskupa Erazma Ciołka jest zamknięta z powodów konserwatorskich do września 2014.