Muzeum jest najstarszą polską kolekcją botaniczną o charakterze muzealnym, związaną ściśle z działalnością naukową i dydaktyczną Uniwersytetu Jagiellońskiego. Historyczny charakter zbiorów zawierających materiały do badań klasyków botaniki polskiej, a także stylowa aranżacja wnętrz decydują o niepowtarzalnym charakterze tego miejsca.